Geneious Prime 2020是一款專業(yè)的生物學分析軟件。該軟件完美支持數(shù)據(jù)的管理操作，支持快速拖放插入數(shù)據(jù)，能夠快速查和分析，包含與序列和遺傳相關的所有數(shù)據(jù)，在設計和構建方面完全沒有任何的限制。

【功能特點】

　　一、解鎖序列數(shù)據(jù)的值

　　1、序列分析與基因組學

　　友好的直觀界面，包含用于Sanger，NGS和長讀序列分析的基本基因組學工具，包括成對和多重比對，從頭組裝，作圖，表達分析，變體調用，NGS可視化，序列和色譜圖分析，自動注釋，以及系統(tǒng)樹的構建。

　　2、分子生物學

　　在一個界面中執(zhí)行各種克隆和引物設計操作。自動注釋質粒圖譜和表達載體。模擬各種分子克隆操作，包括限制性克隆，Gibson組裝，Gateway克隆和TOPO克隆。設計和測試引物，找到CRISPR位點，并優(yōu)化密碼子。

　　3、數(shù)據(jù)管理

　　只需拖放即可以通用文件格式（包括Genbank，SnapGene，F(xiàn)ASTQ，F(xiàn)ASTA，BAM，VCF，GFF）導入，導出和轉換序列，注釋和注釋，或導入完整的Vector NTI數(shù)據(jù)庫。通過自動過濾文檔過濾，批處理重命名和文檔歷史記錄的方式來安排和瀏覽數(shù)據(jù)庫。適用于Mac，Windows和Linux。

　　二、您科學研究的中堅力量

　　1、自動化

　　創(chuàng)建自己的自動化工作流程或使用內置的工作流程來提高效率，控制業(yè)務流程并減少研究中的人為錯誤。直接連接到數(shù)據(jù)庫，包括UniProt，NCBI（Entrez），BLAST和PubMed。數(shù)據(jù)庫搜索可以自動進行，使您能夠連續(xù)接收有關基因組，序列和蛋白質結構的最新信息。

　　2、合作

　　借助基于文件夾的直觀組織和無縫集成的共享數(shù)據(jù)庫，可跨團隊轉換數(shù)據(jù)管理，提高流程效率并改善協(xié)作。還可以購買Geneious Server數(shù)據(jù)庫，以更高級別的控制權和更高的安全性來購買貴組織通過標準共享數(shù)據(jù)庫進行的數(shù)據(jù)訪問。

　　3、定制

　　通過我們可用于組裝，比對，系統(tǒng)發(fā)育等的插件集合，擴展Geneious Prime的功能。與現(xiàn)有系統(tǒng)集成，并使用高度可互操作的API添加您自己的自定義算法。

　　三、慷慨的總理已涵蓋

　　1、NGS預處理

　　導入Illumina，PacBio和NanoPore讀取

　　修剪，過濾和解復用單端和成對端數(shù)據(jù)

　　合并配對的讀

　　重復數(shù)據(jù)刪除

　　錯誤糾正和規(guī)范化

　　濾除嵌合體

　　2、制圖和重新組裝

　　只需在業(yè)界領先的制圖算法和從頭組裝算法之間切換

　　支持匯編Sanger和NGS數(shù)據(jù)，包括任何長度的Illumina，PacBio和Oxford納米孔讀取，包括雙端讀取和混合裝配

　　組裝微生物基因組，質粒和其他環(huán)狀序列時產生環(huán)狀重疊群

　　基因組比較和MAUVE基因組比對結束

　　映射程序包括Geneious，Geneious for RNA Seq，BBMap，Minimap2，Bowtie2和TopHat

　　從頭組裝算法，包括Geneious，SPAdes，F(xiàn)lye，MIRA，Tadpole和Velvet

　　3、變體調用和表達分析

　　使用Geneious或FreeBayes調用SNP /變體

　　使用同步的基因組視圖對表格結果進行實時過濾

　　在映射的RNA-seq數(shù)據(jù)上計算和比較表達水平

　　使用PCA和火山圖進行可視化

　　4、序列分析

　　修剪，組裝和查看Sanger測序跟蹤文件

　　更正基礎調用并創(chuàng)建共識序列

　　注釋主題，ORF和重復

　　預測基因和結構元素

　　通過針對數(shù)據(jù)庫的相似性搜索進行實時注釋

　　快速翻譯選擇內容，或顯示注釋或所選框架的翻譯

　　動態(tài)圖和統(tǒng)計信息，用于序列特性，例如pI，分子量，熔點，AA組成等

　　5、序列比對

　　DNA或蛋白質的多重和成對序列比對，包括全基因組比對

　　與包括Geneious Aligner，MUSCLE，MAFFT，Clustal Omega，MAUVE和LastZ在內的可信算法保持一致

　　使用實時翻譯和突出顯示查看和編輯路線

　　6、系統(tǒng)發(fā)育學

　　使用Geneious樹構建器，MrBayes，PAUP *，PhyML，RAxML等構建樹

　　可視化，編輯和標記您的樹

　　交互式距離矩陣查看器

　　出版物質量出口

　　7、微衛(wèi)星分析

　　導入原始ABI跟蹤文件

　　修剪，預測和手動調整峰

　　Bin進入等位基因

　　產生等位基因調用的表格輸出

　　8、分子克隆

　　查看質粒圖譜，自動注釋載體以及帶有注釋的復制粘貼序列

　　一步式GoldenGate（IIS類型）和限制克隆

　　基于同源性的克隆，包括Gibson，GeneArt和In-Fusion

　　TOPO克隆

　　克隆操作的父母/后代血統(tǒng)追蹤

　　密碼子優(yōu)化和反向翻譯

　　沉默突變分析以發(fā)現(xiàn)潛在的限制性酶切位點

　　模擬PCR，消化和連接

　　CRISPR站點查找器

　　9、底漆設計

　　自動設計針對任何靶標區(qū)域或整個序列的PCR和測序引物以及雜交探針

　　在序列視圖中輕松添加引物

　　設計基本和簡并PCR引物

　　在設計過程之前，之中或之后添加和刪除引物序列的延伸

　　引物特異性測試，以檢查模板序列上是否有其他結合位點

　　篩選物理性質，發(fā)夾和引物二聚體

　　以FASTA，電子表格或GenBank格式拖放引物

【軟件亮點】

　　1、分析CRISPR編輯結果（2020.2）

　　輕松對齊，聚類和可視化CRISPR編輯實驗中的NGS讀數(shù)。通過您選擇的應用程序（包括HDR，NHEJ和基礎編輯器）分析變體的頻率及其蛋白效應。

　　2、增強型搜索選項（2020.2）

　　通過一個統(tǒng)一的界面快速訪問您的文檔，文件夾，分析工具和最近查看的項目。

　　3、密碼子優(yōu)化和反向翻譯改進（2020、2020.1和2020.2）

　　2020.2 –將鼠標懸停在優(yōu)化密碼子上，以獲取有關同義密碼子及其頻率的更多信息。

　　2020.1 –為模型生物定制密碼子優(yōu)化參數(shù)。

　　2020年–全新的密碼子優(yōu)化算法使您可以通過從蛋白質或核苷酸序列開始生成新序列，來匹配所選生物體的密碼子用法。

　　4、分析CRISPR編輯結果的新工具

　　從CRISPR編輯實驗的結果中比對NGS測序并使其聚類

　　支持各種應用程序，包括HDR，NHEJ和基本編輯器

　　可視化與未突變參考序列相比的變體

　　分析變體的頻率及其蛋白效應

　　5、增強的搜索界面

　　使用文本查詢從單個統(tǒng)一界面實時搜索文件夾和文檔

　　搜索Geneious Prime中可用的分析工具（操作）的新功能

　　輕松訪問其他高級搜索選項

　　快速訪問最近查看的文件夾和文檔

　　6、密碼子優(yōu)化改進

　　有關優(yōu)化密碼子注釋的信息工具提示可在所選密碼子使用表中提供有關同義密碼子及其頻率的信息

　　現(xiàn)在，在通過選擇注釋優(yōu)化選擇的區(qū)域時，將考慮包括方向性和CDS codon_start信息在內的注釋屬性

　　當以多個間隔優(yōu)化選定注釋時，跨間隔優(yōu)化選擇，并且允許密碼子跨越相鄰間隔

　　當優(yōu)化反向選擇區(qū)域時，反向互補序列現(xiàn)在已優(yōu)化