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Arlequin是專(zhuān)業(yè)的人類(lèi)遺傳學(xué)數(shù)據(jù)分析軟件,為從事醫(yī)學(xué)、生物學(xué)研究的學(xué)者設(shè)計(jì),擁有可進(jìn)行AMOVA計(jì)算、中性檢驗(yàn)、錯(cuò)配分布等功能,例如:大量的分子序列數(shù)據(jù)和傳統(tǒng)的等基因頻率,并提供了很多的方法和統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn),能夠滿(mǎn)足用戶(hù)多種遺傳學(xué)分析方便的需求。
1、Molecular diversity(分子多態(tài)性)
2、Mismatch distribution(錯(cuò)配分布)
3、Haplotype frequency estimation(單倍型頻率估計(jì))
4、Linkage disequilibrium(連鎖不平衡:檢測(cè)不同位點(diǎn)上等位基因的非隨機(jī)關(guān)聯(lián))
5、Hardy-Weinberg equilibrium(哈溫—伯格平衡)
6、Tajima`s neutrality test(Tajima中性檢驗(yàn))
7、Fu`s neutrality test(Fu中性檢驗(yàn))
8、Ewens-watterson neutrality test(Ewens-watterson中性檢驗(yàn))
以上三個(gè)中性檢驗(yàn)都是基于無(wú)限位點(diǎn)模型,適用于DNA sequence 和 RFLP單倍型。
9、Chakraborty`s amalgamation test (Chakraborty`s 融合檢驗(yàn),檢測(cè)人群的均一性或同質(zhì)性和中性選擇等)
10、Minimu Spanning Network(MSN,最小擴(kuò)張樹(shù)或稱(chēng)之為最小支撐樹(shù),,基于分子差異)
11、AMOVA 分子差異度分析,用以評(píng)測(cè)人群的遺傳結(jié)構(gòu)
12、Pairwise genetic distances (遺傳距離的估計(jì))
13、Exact test of population differentiation (檢測(cè)隨機(jī)交配群體單倍型的非隨機(jī)分布)
14、Assignment test of genotype (通過(guò)估計(jì)等位基因頻率將單個(gè)基因型分配到特定的人群中)
標(biāo)簽: 科學(xué)分析 數(shù)據(jù)分析 醫(yī)學(xué)研究
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