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LeDock 是一款靈活實(shí)用的小分子對(duì)接軟件,為了快速準(zhǔn)確地將小分子對(duì)接成蛋白質(zhì)而設(shè)計(jì)的。在Astex多樣性集上,它實(shí)現(xiàn)了大于90%的位姿預(yù)測(cè)精度,并且對(duì)于藥物樣分子,每次運(yùn)行大約需要3秒鐘。它導(dǎo)致從高通量虛擬篩選運(yùn)動(dòng)中發(fā)現(xiàn)新的激酶抑制劑和溴代氨酶拮抗劑。它直接使用SybYLMOL2格式作為小分子的輸入。Windows操作系統(tǒng)上的圖形版本極大地簡(jiǎn)化了藥物化學(xué)家的常見多重復(fù)雜的對(duì)接過程。
位姿預(yù)測(cè)的高精度
用戶友好的虛擬篩選和點(diǎn)擊細(xì)化
非常快
1. 抽取受體。
直接運(yùn)行 LeDock.exe
結(jié)果可以發(fā)現(xiàn),Lepro可以自動(dòng)去除雜原子,并加氫,殘基的名字也改為charmm的命名方式。Arg226在晶體結(jié)構(gòu)中構(gòu)象不確定,Lepro自動(dòng)保存第一個(gè);
2. 對(duì)接的盒子
Lepro還產(chǎn)生一個(gè)dock.in的對(duì)接配置文件:
輸入文件包含以下信息:
//
Receptor
pro.pdb
RMSD
1.0
Binding pocket
xmin xmax
ymin ymax
zmin zmax
Number of binding poses
20
Ligands list
ligands.list
//
“Receptor”、“Binding pocket”、“Number of binding poses”和“Ligands list”是關(guān)鍵詞,不可更改。
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