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4.2分
Beacon Designer是一款功能強大的引物設(shè)計軟件,能夠幫助用戶輕松建立核苷酸分析、NDA分析等項目,為用戶的引物分析工作提供了幫助。因為軟件為試用有時間時間限制,所以小編為大家找來了軟件的破解版,安裝完成即為正式版。
1、FRET探針
FRET探針-設(shè)計出不含二聚體,重復(fù)序列和運行序列的最佳FRET探針,以確保信號保真度。
多重FRET探針和引物-檢查FRET探針是否與所有引物交叉雜交,以防止多重反應(yīng)競爭。
評估預(yù)先設(shè)計的FRET探針和引物-允許使用SYBR®green引物設(shè)計最佳的FRET探針。
算法-使用高度精確的SantaLucia最近鄰居計算Tm熱力學(xué)值。
圖形視圖-顯示探針二級結(jié)構(gòu)的圖形視圖。
2、Scorpions®底漆設(shè)計
Scorpions®Primer-設(shè)計最佳的標準引物,Scorpions®引物,Probe和Scorpions®,不含二聚體,重復(fù)序列和運行序列,可確保信號保真度。
等位基因識別-設(shè)計Scorpions®來檢測野生和突變等位基因。
MultiplexScorpions®和引物-檢查Scorpions®是否具有交叉同源性,所有引物可防止多重反應(yīng)競爭。
預(yù)先設(shè)計的Scorpions®引物-允許使用預(yù)先設(shè)計的探針/引物來設(shè)計最佳引物/探針和蝎子。
Tm計算-高精度發(fā)夾Tm計算。
圖形視圖-顯示設(shè)計的Scorpions®Primer的圖形視圖。
3、底漆設(shè)計
設(shè)計引物-設(shè)計針對SYBR®Green / Beacon /TaqMan®/ FRET /Scorpions®/ HRMA應(yīng)用優(yōu)化的引物對。
算法-使用高度精確的SantaLucia最近鄰居熱力學(xué)值計算引物Tm。
引物等級-根據(jù)引物效率對引物進行排名。根據(jù)引物的熱力學(xué)性質(zhì)和二級結(jié)構(gòu)篩選綜合標準引物。
自動引物多路復(fù)用-檢查引物池中的同源性,以減少引物二聚體。
預(yù)先設(shè)計的引物-允許將先前設(shè)計的引物用于信標,TaqMan®,F(xiàn)RET,HRMA和SYBR®Green分析。
避免模板的二級結(jié)構(gòu)-設(shè)計引物時自動避免模板中的二級結(jié)構(gòu)。
避免交叉同源性-通過自動避免使用BLAST發(fā)現(xiàn)的同源性來確保信號保真度。
引物擴增子和探針BLAST搜索-BLAST搜索引物,擴增子和探針以驗證設(shè)計的特異性。
SNP擴增用于信標,TaqMan®,F(xiàn)RET和HRMA化學(xué)試劑的引物旨在擴增SNP。 SYBR®Green引物的設(shè)計應(yīng)使區(qū)分等位基因的核苷酸位于其中一種引物的3'末端堿基處。可以將HRMA分析設(shè)計為擴增SNP和所有其他類型的突變,例如取代,缺失,插入等。
一致的條件-運行中的所有引物均針對相同的PCR反應(yīng)條件進行了優(yōu)化。
4、爆炸搜索
選擇性cDNA擴增-通過設(shè)計跨外顯子/外顯子和外顯子-內(nèi)含子邊界的引物來避免gDNA污染。外顯子區(qū)域通過解釋GenBank標頭注釋來識別。也可以手動指定它們。
BLAST搜索-BLAST搜索整個序列,設(shè)計引物和擴增子以顯現(xiàn)特異性。
BLAST數(shù)據(jù)庫-使用獨立的BLAST搜索本地自定義數(shù)據(jù)庫,或直接連接到NCBI服務(wù)器以獲取公共數(shù)據(jù)庫。
重復(fù)和低復(fù)雜度區(qū)域-優(yōu)化BLAST搜索參數(shù)以在搜索NCBI可用的基因組數(shù)據(jù)庫時檢測重復(fù)和低復(fù)雜度區(qū)域。
BLAST結(jié)果視圖-提供在序列,引物對,擴增子和探針上搜索BLAST的結(jié)果視圖。
5、數(shù)據(jù)庫和數(shù)據(jù)管理
設(shè)計模式-Beacon和TaqMan®設(shè)計位于不同的模塊中:允許在運行時進行模式切換。
項目-創(chuàng)建多個項目。通過為每個實驗創(chuàng)建單獨的項目,可以輕松管理多個實驗的數(shù)據(jù)。
應(yīng)用程序數(shù)據(jù)庫-維護用于序列信息和搜索結(jié)果的本地數(shù)據(jù)庫。
軟件內(nèi)置了破解補丁,安裝完成將“patcher”文件中的所有文件復(fù)制到軟件的安裝目錄下即可自動注冊成為正式版。
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